主機整合伺服器透過以 Active Directory 架構註冊服務與資源來使用 Active Directory。 使用 Active Directory 的好處包括：
用戶端設定與網路資源位置簡化。
SNA Server 4.0 中存在的 8,000 個贊助連線限制被消除。
主機整合伺服器的用戶端電腦必須設定為透過贊助者連線或 Active Directory 與主機整合伺服器電腦通訊。 用戶端電腦無法同時使用兩者。
若主機整合伺服器電腦被設定為使用 Active Directory，則必須在組織單位（OU）中運作。 如果這是第一台主機整合伺服器被設定為使用 Active Directory，那麼你必須執行以下步驟：
如果尚未為主機整合伺服器建立組織單位 (OU)，請建立一個。
授予用於主機整合伺服器的 OU 服務帳號讀寫權限。
授予設定為使用 Active Directory 作為資源定位的桌面使用者讀取權限。
Active Directory 架構必須擴充以包含主機整合伺服器架構。
此外，必須注意 SNA 子網域與包含 Host Integration Server 專用容器的 OU 之間的以下關係：
同一 OU 內可以存在多台主機整合伺服器電腦。
每個包含主機整合伺服器的 OU 必須是唯一的 SNA 子網域。
同一個組織架構中不能存在兩個不同的 SNA 子網域。
SNA 子網域不能跨越兩個 OU。
如果一個 OU 包含多台主機整合伺服器（Host Integration Server）電腦，它們必須屬於同一個 SNA 子網域。
OU 名稱與該 OU 內 SNA 子網域名稱可以是相同或不同名稱。
另請參閱
Active Directory 服務
在主機整合伺服器安裝時，如何設定 Active Directory
Active Directory 管理